Le Président de la Commission de l’Union africaine est le plus haut responsable, le représentant légal de l’Union africaine et l’Ordonnateur principal du budget de la Commission. Il ou elle est directement responsable devant le Conseil exécutif dans l’exercice de ses fonctions. Le président est élu par la Conférence pour un mandat de quatre ans, renouvelable une fois. L’élection se fait par vote secret et à la majorité des deux tiers des États membres ayant le droit de vote.

Sous la direction de l’Ambassadrice Fatima Kyari Mohammed, la Mission permanente d’observation de l’Union africaine auprès de l’ONU coordonne les liaisons au niveau des ambassadeurs avec d’autres Missions permanentes africaines auprès de l’Organisation des Nations Unies. Elle sert également de représentation directe de la Commission de l'Union africaine, dont le siège est à Addis-Abeba, en Éthiopie.

L’Union africaine aux Nations Unies est composée des 54 États membres des Nations Unies. Le bloc coordonne ses efforts sur divers sujets, allant de la santé et de la migration aux questions de paix et de sécurité.

Les programmes des Agendas 2063 et 2030 pour le développement durable sont en phase d’implementation, et, parallelement, l’Union africaine et les Nations Unies, par le biais de la Commission économique pour l’Afrique (CEA), intègrent leurs efforts pour la mise en œuvre des cadres de développement au niveau national.